有機肥養分比較全面，肥效穩定、持久，同時還能起到疏松土壤，培肥地力，改良土壤結構，提高作物產量和品質等多種作用，是農業生產中的一類重要肥料。
從古至今，有機肥在我國農業生產中都有著舉足輕重的地位，雖然在化肥工業大發展時期稍有低谷，但隨著綠色、優質、高效、健康、環保的新型農業的快速發展，有機肥料已再度受到青睞。
傳統有機肥料：是指以有機物為主的自然肥料，多是人和動物的糞便以及動植物殘體，一般分為農家肥、綠肥等。
農家肥是農戶利用人畜糞便以及其他原料加工而成的，常見的有廄肥、堆肥、沼氣肥和草木灰等。
農業收獲植物及其加工殘余物也是一類具有廣泛應用價值的農家肥，如菜籽餅、大豆餅、花生麩等餅粕類肥料，養分含量較高。
綠肥是利用綠色植物體的全部或部分直接翻壓到土壤中作為肥料，是中國傳統的重要有機肥料之一。
商品有機肥：是以畜禽糞便、動植物殘體、生活垃圾等富含有機質的固體廢棄物為主要原料，并添加一定量的其他輔料(如風化煤、草炭、中藥渣、酒渣、菌菇渣等)和發酵菌劑，通過工廠化方式加工生產而成的肥料。
與傳統農家肥相比，商品有機肥料具有養分全面、含量高、質量穩定等特點。
對土壤肥力的影響
物理性質：土壤物理性狀的好壞直接關系到土壤養分供給能力的大小。眾多研究表明，施用有機肥料能改善土壤的物理性質，具體表現在長期施用有機肥可使土壤團粒結構增加、透氣性增強、保水能力增強，土壤容重下降。
化學性質：長期施用有機肥料可以活化土壤養分，提高土壤養分含量，增強土壤供肥能力，調節土壤pH值和土壤電導率。
生物學性質：土壤微生物可以反映土壤中物質代謝的旺盛程度，是土壤肥力的一個重要指標。施用有機肥可以提高土壤酶活性，改善微生物的生存環境。
有害物質：施用有機肥料使土壤有機質含量增加和更新，能夠極大提高土壤的吸附能力，有利于去除土壤中有毒物質或減輕其毒害。
對作物的影響
作物產量：施用有機肥料可以提供作物生長發育所需的有機、無機養分，改善土壤環境，從而促進作物生長和提高產量。
作物品質：增施有機肥可通過改善植物營養狀況和生長條件對作物品質產生良好的影響，包括外觀品質及口感風味等。
常見植物源性有機肥原料
秸稈類：常見的原有玉米秸稈、小麥秸稈、豆秸稈、水稻秸稈。含有高的纖維素和木質素等大分子物質，氮磷鉀等養分含量較低(除豆科類)，單獨用這類物料做有機肥的罕見，一般用來增加發酵物料的有機質，調節碳氮比。這類原料比較豐富，價格低廉，但因這些物料多存在農業從事散戶手中，大面積收購比較困難，且季節性較強，全年生產需提前備貨。
粕類：有豆粕、棉粕、蓖麻粕、花椒粕、花生粕等多為農產品加工產業的下腳料，多為輔料。粕類為原料的有機肥可稱得上為高端有機肥，因其多為飼料級，原料成本較高，發酵腐熟不宜控制。
菌糠：俗稱蘑菇渣、菌包，有金針菇渣、平菇渣、杏鮑菇渣等，原料多為酒糟、玉米芯、稻殼粉、麥麩、豆粕及配一些營養元素，菌糠有機質高、富含菌體蛋白、維生素、微量元素及生長素，做有機肥在肥力效果較好。
常見動物源性有機肥原料
動物糞便：羊糞、豬糞、牛糞等都是比較好的有機肥原料。有機質含量高，但由于纖維含量少不易分解。使用時要經過充分腐熟發酵，高溫殺滅病蟲卵、菌和雜草種子。
動物加工廢棄物：加工廢棄物，甚至是養殖廢棄物等也能成為有機肥的原料。但是須采用無公害生物降解法。
工業廢棄物
工業殘渣：酒糟、醋糟、木薯渣、糖渣、糠醛渣、木質素渣、乙醇渣等此類原料市場規模較大，地域性強，價格低廉，有機質含量高，含水量普遍在60%以上。使用時注意調和pH值、重金屬。
煙末煙梗：此類物料有機質、養分、糖類都較高，在作為有機肥的主要原料的產品肥力效果好，還有抑制雜菌，抵抗土壤蟲害的效果，價格也較低廉。
氨基酸尾料：蛋白含量高，多在40%以上，多數有味道也多為濕料，價格中下等，需烘干和晾曬，做成有機肥味道較重，肥力效果好。
其它原料
值得注意的是許多劣質的有機肥原料大多來自以下幾種。
城市污水沉淀的污泥：雖然含有一定量的有機質和氮磷鉀成分，這類原料不用花錢，加工成本很低，但重金屬和大腸桿菌嚴重超標，易引發死根、死樹現象，果實人吃后易引發惡性癌變。
工業廢水沉淀的污泥：這類污泥雖然也含有大量元素和有機質，但是，重金屬也是嚴重超標，可引發爛根、死樹，嚴重污染土壤。
造紙廠的下腳料：這種肥料，主要成分是木質素。是極難吸收的一種有機質，何況在造紙的過程中要加進許多化學原料，而且這些原料絕大部分存留在下腳料里，它對土壤的破壞很大，對樹根的影響很大。
風化煤：它屬于表觀的有機質，不能成為土壤微生物的碳源，風化煤中真正有效成分是腐植酸，但不深加工是無效的有機養分。
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